Elin Wägner föddes 1882 i Lund. Tre år gammal miste hon sin mor. Två år senare flyttade familjen till Nyköping, där fadern gifte om sig och Elin fick en styvmor, som hon aldrig kom riktigt nära.
En kompensation för den saknade modern blev morföräldrahemmet i Tolg, där Elin och hennes två yngre syskon tillbringade så gott som alla sina somrar och även annan ledig tid under barn- och ungdomsåren.
1897 flyttade familjen Wägner till Helsingborg. Där började Elin Wägner tidigt skicka in små berättelser till Helsingborgs-Posten. Snart fick hon andra skrivuppdrag och 1903 blev hon fast anställd på tidningen.
År 1907 fick Elin Wägner anställning som journalist på tidningen Idun, och samtidigt skrev hon för Dagens Nyheter. Samma år kom debutboken Från det jordiska museet ut, en novellsamling, inspirerad bland annat av en Englandsresa.
Hennes genombrott som skönlitterär författare kom 1910 med romanen Pennskaftet, som skildrar hennes erfarenheter som journalist, rösträttskämpe och självförsörjande kvinna. Samma år gifte hon sig med filosofen och kritikern John Landquist. Äktenskapet blev barnlöst och varade till 1922.
1916 lämnade Wägner sin fasta anställning på Idun men återvände en period till journalistiken genom redaktörskapet för kvinnorörelsens tidning Tidevarvet 1924-1927. År 1917 kom hennes främsta skönlitterära verk ut, romanen Åsa-Hanna, där handlingen utspelar sig i trakten kring Tolg. 1921 tog hon till sig brorsonen Giovanni, som hon sedan hade ansvaret för tills han blev vuxen.
1923 fick Elin Wägner samfundet De nios pris för romanen Den namnlösa och samma år köpte hon en tomt i Berg, Lilla Björka, där hon lät bygga en röd småländsk stuga.
I mitten på 1930-talet lämnade hon helt Stockholm och slog sig ned i Berg för gott tillsammans med Giovanni och Linnéa, hushållerskan som kom från Växjö till Stockholm 1908 och var henne trogen livet ut.
I Lilla Björka skrevs den stora hembygdsboken Tusen år i Småland (1939) och debattbokenVäckarklocka (1941), där tankar om fred och ekologi och kvinnornas roll är centrala inslag.
1944 valdes Elin Wägner in i Svenska Akademien.
Elin avled i januari 1949 i magcancer.